AT5G01750.2
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.773 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF567) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Protein of unknown function (DUF567); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF567 (InterPro:IPR007612); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF567) (TAIR:AT3G11740.1); Has 468 Blast hits to 466 proteins in 44 species: Archae - 0; Bacteria - 29; Metazoa - 0; Fungi - 27; Plants - 412; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:290034..291109 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24296.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 217 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEQPYVYAYP QGSGPSGAPT PQAGGVVVDP KYCAPYPIDM AIVRKMMSLT DGNFVITDVN GNLLFKVKEP VFGLHDKRVL LDGSGTPVVT LREKMVSMHD 101: RWQVFRGGST DQRDLLYTVK RSSMLQLKTK LDVFLGHNKD EKRCDFRVKG SWLERSCVVY AGESDAIVAQ MHRKHTVQSV FLGKDNFSVT VYPNVDYAFI 201: ASLVVILDDV NREDRAA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)