AT5G01540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : lectin receptor kinase a4.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes LecRKA4.1, a member of the lectin receptor kinase subfamily A4 (LecRKA4.1 At5g01540; LecRKA4.2 At5g01550; LecRKA4.3 At5g01560). Together with other members of the subfamily, functions redundantly in the negative regulation of ABA response in seed germination. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
lectin receptor kinase a4.1 (LECRKA4.1); FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation, abscisic acid mediated signaling pathway, response to abscisic acid stimulus, seed germination; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Legume lectin, beta chain (InterPro:IPR001220), Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lectin receptor kinase a4.1 (TAIR:AT5G01550.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:211285..213333 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75872.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 682 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGTQRSMFIV SFLFKLFLFL SVHVRAQRTT TNFAFRGFNG NQSKIRIEGA AMIKPDGLLR LTDRKSNVTG TAFYHKPVRL LNRNSTNVTI RSFSTSFVFV 101: IIPSSSSNKG FGFTFTLSPT PYRLNAGSAQ YLGVFNKENN GDPRNHVFAV EFDTVQGSRD DNTDRIGNDI GLNYNSRTSD LQEPVVYYNN DDHNKKEDFQ 201: LESGNPIQAL LEYDGATQML NVTVYPARLG FKPTKPLISQ HVPKLLEIVQ EEMYVGFTAS TGKGQSSAHY VMGWSFSSGG ERPIADVLIL SELPPPPPNK 301: AKKEGLNSQV IVMIVALSAV MLVMLVLLFF FVMYKKRLGQ EETLEDWEID HPRRLRYRDL YVATDGFKKT GIIGTGGFGT VFKGKLPNSD PIAVKKIIPS 401: SRQGVREFVA EIESLGKLRH KNLVNLQGWC KHKNDLLLIY DYIPNGSLDS LLYTVPRRSG AVLSWNARFQ IAKGIASGLL YLHEEWEKIV IHRDVKPSNV 501: LIDSKMNPRL GDFGLARLYE RGTLSETTAL VGTIGYMAPE LSRNGNPSSA SDVFAFGVLL LEIVCGRKPT DSGTFFLVDW VMELHANGEI LSAIDPRLGS 601: GYDGGEARLA LAVGLLCCHQ KPASRPSMRI VLRYLNGEEN VPEIDDEWGY SKSSRSEFGS KLVGYVSSTS ITRVSSTSRI SQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)