AT5G01330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.947 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pyruvate decarboxylase-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
pyruvate decarboxylase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pyruvate decarboxylase-3 (PDC3); FUNCTIONS IN: in 6 functions; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TPP-binding enzyme, conserved site (InterPro:IPR000399), Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain (InterPro:IPR012000), Pyruvate decarboxylase/indolepyruvate decarboxylase (InterPro:IPR012110), Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain (InterPro:IPR012001), Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding (InterPro:IPR011766); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Thiamine pyrophosphate dependent pyruvate decarboxylase family protein (TAIR:AT5G01320.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:132538..134807 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64485.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 592 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDVRSLPSNG VATIQDSAPT AATILGSSAA TLGRHLSRRL VQAGVTDIFT VPGDFNLSLL DQLIANPELN NIGCCNELNA GYAADGYARS RGVGACVVTF 101: TVGGLSVLNA IAGAYSENLP VICIVGGPNS NDFGTNRILH HTIGLPDFSQ ELRCFQTVTC YQAVVNHLED AHEQIDKAIA TALRESKPVY ISISCNLAAI 201: PHPTFASYPV PFDLTPRLSN KDCLEAAVEA TLEFLNKAVK PVMVGGPKLR VAKARDAFVE LADASGYPVA VMPSAKGFVP ENHPHFIGTY WGAVSTLFCS 301: EIVESADAYI FAGPIFNDYS SVGYSLLLKK EKAIIVHPDS VVVANGPTFG CVRMSEFFRE LAKRVKPNKT AYENYHRIFV PEGKPLKCKP REPLRINAMF 401: QHIQKMLSNE TAVIAETGDS WFNCQKLKLP KGCGYEFQMQ YGSIGWSVGA TLGYAQATPE KRVLSFIGDG SFQVTAQDVS TMIRNGQKTI IFLINNGGYT 501: IEVEIHDGPY NVIKNWNYTG LVDAIHNGEG KCWTTKVRYE EELVEAINTA TLEKKDSLCF IEVIVHKDDT SKELLEWGSR VSAANGRPPN PQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)