AT5G01310.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : APRATAXIN-like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein that has adenylylsulfate sulfohydrolase activity (E.C. 3.6.2.1) in vitro. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
APRATAXIN-like (APTX); FUNCTIONS IN: adenylylsulfatase activity, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: sulfur metabolic process, purine ribonucleotide metabolic process, regulation of transcription; LOCATED IN: intracellular, nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Appr-1-p processing (InterPro:IPR002589), Histidine triad (HIT) protein (InterPro:IPR001310), Helix-loop-helix DNA-binding domain (InterPro:IPR001092), Histidine triad motif (InterPro:IPR011151), Helix-loop-helix DNA-binding (InterPro:IPR011598), Histidine triad-like motif (InterPro:IPR011146), Histidine triad, conserved site (InterPro:IPR019808); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein (TAIR:AT3G21330.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:125304..128960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 101394.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 912 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDDFNLRSEN PNSSSTTSSS SSSFHRHKSE TGNTKRSRST STLSTDPQSV AARDRRHRIS DRFKILQSMV PGGAKMDTVS MLDEAISYVK FLKAQIWYHQ 101: NMLLFINDHE TTSSCTYSPG AGEFGPKLFG YDDDYAPIMD TYSQGVPLTV ADSKYTPWFG SVDDEQEHVT YFKYRRATRH ALRGHCNCII GETEEFADQR 201: EKMEVQIEES GKNQTSPESI EADKAKQIVV LLIGPPGSGK STFCDTAMRS SHRPWSRICQ DIVNNGKAGT KAQCLKMATD SLREGKSVFI DRCNLDREQR 301: SEFIKLGGPE FEVHAVVLEL PAQVCISRSV KRTGHEGNLQ GGRAAAVVNK MLQSKELPKV NEGFSRIMFC YSDADVDNAV NMYNKLGPMD TLPSGCFGEK 401: KLDTKSQPGI MKFFKKVSAL PASSSNEATN TTRKADEMTA NVRVSPVKLG SADIVPTLAF PSISTADFQF DLEKASDIIV EKAEEFLSKL GTARLVLVDL 501: SRGSKILSLV KAKASQKNID SAKFFTFVGD ITKLRSEGGL HCNVIANATN WRLKPGGGGV NAAIFKAAGP DLETATRVRA NTLLPGKAVV VPLPSTCPLH 601: NAEGITHVIH VLGPNMNPNR PDNLNNDYTK GCKTLREAYT SLFEGFLSVV QDQSKLPKRS SQTAVSDSGE DIKEDSERNK KYKGSQDKAV TNNLESESLE 701: DTRGSGKKMS KGWNTWALAL HSIAMHPERH ENVVLEYLDN IVVINDQYPK ARKHVLVLAR QESLDGLEDV RKENLQLLQE MHNVGLKWVD RFQNEDASLI 801: FRLGYHSVPS MRQLHLHVIS QDFNSDSLKN KKHWNSFTTS FFRDSVDVLE EVNSQGKANV ASEDLLKGEL RCNRCRSAHP NIPKLKSHVR SCHSQFPDHL 901: LQNNRLVARA ET |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)