AT5G01040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : laccase 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative laccase, knockout mutant showed early flowering | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
laccase 8 (LAC8); FUNCTIONS IN: laccase activity; INVOLVED IN: vegetative to reproductive phase transition of meristem, response to copper ion; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: fruit, root, flower; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Laccase (InterPro:IPR017761), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Laccase/Diphenol oxidase family protein (TAIR:AT5G01050.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:13394..16142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65285.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 584 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPRLHHYLSN QAFLVLLLFS SIASAAVVEH VLHIQDVVVK PLCKEQIIPA ANGSLPGPTI NVREGDTLVV NVINNSTYNV TIHWHGVFQL KSVWMDGANM 101: ITQCPIQPGY NFTYQFDITG QEGTLLWHAH VVNLRATLHG ALVIRPRSGR PYPFPKPYKE VPIVFQQWWD TDVRLLQLRP APVSDAYLIN GLAGDSYPCS 201: ENRMFNLKVV QGKTYLLRIV NAALNTHLFF KIANHNVTVV AVDAVYSTPY LTDVMILTPG QTVDALLTAD QAIGKYYMAT LPYISAIGIP TPDIKPTRGL 301: IVYQGATSSS SPAEPLMPVP NDMSTAHRFT SNITSLVGGP HWTPVPRHVD EKMFITMGLG LDPCPAGTKC IGPLGQRYAG SLNNRTFMIP ERISMQEAYF 401: YNISGIYTDD FPNQPPLKFD YTKFEQRTNN DMKMMFPERK TSVKKIRFNS TVEIVLQNTA IISPESHPMH LHGFNFYVLG YGFGNYDPIR DARKLNLFNP 501: QMHNTVGVPP GGWVVLRFIA NNPGVWLFHC HMDAHLPYGI MSAFIVQNGP TPETSLPSPP SNLPQCTRDP TIYDSRTTNI DLSY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)