AT4G39220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.500 golgi 0.500 ASURE: endoplasmic reticulum,golgi What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Rer1 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Key player of retrieval of ER membrane proteins | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATRER1A; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Retrieval of early ER protein Rer1 (InterPro:IPR004932); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: endoplasmatic reticulum retrieval protein 1B (TAIR:AT2G21600.1); Has 516 Blast hits to 513 proteins in 212 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 155; Fungi - 150; Plants - 130; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 81 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:18264280..18265531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21977.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 191 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDESGGDSGS VATPVQQRAH EAWRIYQHYL DKTTPHANYR WIGTLVVALI YCLRVYYIQG FYIIAYGLGI YLLNLLIGFL SPLVDPEAGG VSDGPSLPTR 101: GSDEFKPFIR RLPEFKFWYS MTKAFCIAFL MTFFSVFDVP VFWPILLCYW IVLFVLTMRR QIAHMIKYKY IPFSFGKQKY GGRSSSGSRA D |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)