AT4G38770.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : proline-rich protein 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of four proline-rich proteins in Arabidopsis which are predicted to localize to the cell wall. Transcripts are most abundant in aerial organs of the plant. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
proline-rich protein 4 (PRP4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pollen Ole e 1 allergen/extensin (InterPro:IPR006041); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: proline-rich protein 2 (TAIR:AT2G21140.1); Has 142477 Blast hits to 44863 proteins in 2266 species: Archae - 463; Bacteria - 33947; Metazoa - 50713; Fungi - 14839; Plants - 19672; Viruses - 4087; Other Eukaryotes - 18756 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:18097009..18098448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49138.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 448 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRILPEPRGS VPCLLLLVSV LLSATLSLAR VVEVVGYAES KIKTPHAFSG LRVTIDCKVN KGHFVTKGSG NIDDKGKFGL NIPHDIVSDN GALKEECYAQ 101: LHSAAGTPCP AHDGLESTKI VFLSKSGDKH ILGLKQNLKF SPEICVSKFF WPMPKLPPFK GFDHPFPLPP PLELPPFLKK PCPPKYSPPV EVPPPVPVYE 201: PPPKKEIPPP VPVYDPPPKK EVPPPVPVYK PPPKVELPPP IPKKPCPPKP PKIEHPPPVP VYKPPPKIEK PPPVPVYKPP PKIEHPPPVP VHKLPKKPCP 301: PKKVDPPPVP VHKPPTKKPC PPKKVDPPPV PVHKPPPKIV IPPPKIEHPP PVPVYKPPPK IEHPPIYIPP IVKKPCPPPV PIYKPPVVIP KKPCPPPVPV 401: YKPPVVVIPK KPCPPLPQLP PLPKFPPLPP KYIHHPKFGK WPPLPPHP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)