AT4G37690.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.999 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Galactosyl transferase GMA12/MNN10 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Galactosyl transferase GMA12/MNN10 family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Galactosyl transferase (InterPro:IPR008630); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Galactosyl transferase GMA12/MNN10 family protein (TAIR:AT2G22900.1); Has 507 Blast hits to 506 proteins in 109 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 0; Fungi - 185; Plants - 285; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 29 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17708303..17709601 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50297.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 432 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKPGGAKTR TAVCLSDGVF FLAGAFMSLT LVWSYFSIFS PSFTSLRHDG KPVQCSGLDM QFDPSEPGFY DDPDLSYSIE KPITKWDEKR NQWFESHPSF 101: KPGSENRIVM VTGSQSSPCK NPIGDHLLLR CFKNKVDYAR IHGHDIFYSN SLLHPKMNSY WAKLPVVKAA MLAHPEAEWI WWVDSDAIFT DMEFKPPLHR 201: YRQHNLVVHG WPNIIYEKQS WTALNAGVFL IRNCQWSMDL IDTWKSMGPV SPDYKKWGPI QRSIFKDKLF PESDDQTALI YLLYKHKELY YPKIYLEAEY 301: YLQGYWIGVF GDFANVTERY LEMEREDDTL RRRHAEKVSE RYGAFREERF LKGEFGGRGS RRRAFITHFT GCQPCSGDHN PSYDGDTCWN EMIRALNFAD 401: NQVMRVYGYV HSDLSKTSPL QPLPFDYPNE AW |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)