AT4G36890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.984 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
The IRX14 gene encodes a putative family 43 glycosyl transferase that contributes to xylan biosynthesis. It was identified based on its gene expression co-variance with the IRX3 gene involved in secondary cell wall synthesis. A biochemical assay using the irx14 mutant indicates that IRX14 might function in xylose chain elongation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
irregular xylem 14 (IRX14); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 43 (InterPro:IPR005027); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein (TAIR:AT5G67230.1); Has 636 Blast hits to 635 proteins in 91 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 399; Fungi - 0; Plants - 221; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:17379631..17381627 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59102.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 525 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKLSALHQSY LNRRSNSFRS PTSLDSSVDG SGKSLIAVFW LILHCLCCLI SLVLGFRFSR LVFFFLFSTS STNLYSLPFR PDLPVKHLDV HTIGRTLDPG 101: ANGTTVVATA TKSSRVVVGR HGIRIRPWPH PNPVEVMKAH QIIGRVQKEQ KMIFGMKSSK MVIAVTPTYV RTFQALHLTG VMHSLMLVPY DLVWIVVEAG 201: GATNETGLII AKSGLRTIHV GIDQRMPNTW EDRSKLEVFM RLQALRVVRE EKLDGIVMFA DDSNMHSMEL FDEIQNVKWF GTVSVGILAH SGNAEEMVLS 301: MEKRKEMEKE EEEESSSLPV QGPACNSTDQ LIGWHIFNTL PYAGKSAVYI DDVAAVLPQK LEWSGFVLNS RLLWEEAENK PEWVKDFGSL NENEGVESPL 401: SLLKDPSMVE PLGSCGRQVL LWWLRVEARA DSKFPPGWII DPPLEITVAA KRTPWPDVPP EPPTKKKDQM PLSQGNTVVV IPKQQQHPTK IRKPKRKSKK 501: SKHEPRPTDT TTQVYSSSSK HQERN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)