AT4G36400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FAD-linked oxidases family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a (D)-2-hydroxyglutarate dehydrogenase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FAD-linked oxidases family protein; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, (R)-2-hydroxyglutarate dehydrogenase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAD-binding, type 2 (InterPro:IPR016166), FAD-linked oxidase, C-terminal (InterPro:IPR004113), FAD-linked oxidase-like, C-terminal (InterPro:IPR016164), FAD linked oxidase, N-terminal (InterPro:IPR006094), FAD-binding, type 2, subdomain 1 (InterPro:IPR016167); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FAD-linked oxidases family protein (TAIR:AT5G06580.1); Has 16802 Blast hits to 16669 proteins in 1978 species: Archae - 280; Bacteria - 10481; Metazoa - 384; Fungi - 582; Plants - 134; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4941 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17197265..17200472 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61449.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 559 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMMQKLRRSG EFIRFGCKSL ISSRPNKDSV SRSVSGFVNH YKSKGKLFEL SDGNYKTELH HPCISRNVGM LLQQYKCFGS SAASLIQRNP LFSSLDSKDV 101: SYFKEILGEK NVVEDKERLE TANTDWMHKY KGSSKLMLLP KNTQEVSQIL EYCDSRRLAV VPQGGNTGLV GGSVPVFDEV IVNVGLMNKI LSFDEVSGVL 201: VCEAGCILEN LATFLDTKGF IMPLDLGAKG SCHIGGNVST NAGGLRLIRY GSLHGTVLGL EAVTANGNVL DMLGTLRKDN TGYDLKHLFI GSEGSLGIVT 301: KVSILTQPKL SSVNLAFIAC KDYLSCQKLL VEAKRNLGEI LSAFEFLDNN SMDLVLNHLD GVRNPVSSSE NFYILIETTG SDETNDREKL EAFLLKSLEK 401: GLVSDGVIAQ DINQASSFWR IREGITEALQ KAGAVYKYDL SLPVEEIYNI VNDLRGRLGD LANVMGYGHL GDGNLHLNIS AAEYNDKLLG LIEPYVYEWT 501: SKHRGSISAE HGLGVMKANE IFYSKSPETV ALMASIKKLL DPKGILNPYK VLPHSLFSN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)