AT4G35840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.946 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NEP-interacting protein 2 (TAIR:AT2G17730.1); Has 8964 Blast hits to 8940 proteins in 268 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 2132; Fungi - 649; Plants - 5031; Viruses - 28; Other Eukaryotes - 1122 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:16981083..16982266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25452.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 236 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSRFQSGF CPISSCPSLE NFIERIKDAC RFTLSAVLGT ILSAVLTFFF ALVGTLLGAL TGALIGQETE SGFIRGAAVG AISGAVFSIE VFESSLVLWK 101: SNESRFGCLL YLIDVIVSLI SGRLVRERIG PAMLSAVQSQ MGAVDSTFEE LSSIFDTGGS KGLTGDLVDK IPKIKITGKN NLDASGNKDS CSVCLQDFQL 201: GETVRSLPHC HHMFHLPCID NWLFRHGSCP MCRRDL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)