AT4G35390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AT-hook protein of GA feedback 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AT-hook protein of GA feedback 1 (AGF1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF296 (InterPro:IPR005175), Predicted AT-hook DNA-binding (InterPro:IPR014476); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Predicted AT-hook DNA-binding family protein (TAIR:AT1G76500.1); Has 970 Blast hits to 959 proteins in 100 species: Archae - 2; Bacteria - 77; Metazoa - 47; Fungi - 10; Plants - 766; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 65 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:16829603..16830502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30150.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 299 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSYMHPLLG QELHLQRPED SRTPPDQNNM ELNRSEADEA KAETTPTGGA TSSATASGSS SGRRPRGRPA GSKNKPKPPT IITRDSPNVL RSHVLEVTSG 101: SDISEAVSTY ATRRGCGVCI ISGTGAVTNV TIRQPAAPAG GGVITLHGRF DILSLTGTAL PPPAPPGAGG LTVYLAGGQG QVVGGNVAGS LIASGPVVLM 201: AASFANAVYD RLPIEEEETP PPRTTGVQQQ QPEASQSSEV TGSGAQACES NLQGGNGGGG VAFYNLGMNM NNFQFSGGDI YGMSGGSGGG GGGATRPAF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)