AT4G34900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.865 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : xanthine dehydrogenase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
xanthine dehydrogenase 2 (XDH2); FUNCTIONS IN: in 8 functions; INVOLVED IN: oxidation reduction, allantoin biosynthetic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase (InterPro:IPR016208), Ferredoxin (InterPro:IPR001041), Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding (InterPro:IPR002346), Beta-grasp fold, ferredoxin-type (InterPro:IPR012675), FAD-binding, type 2, subdomain 1 (InterPro:IPR016167), [2Fe-2S]-binding (InterPro:IPR002888), FAD-binding, type 2 (InterPro:IPR016166), CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal (InterPro:IPR005107), 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site (InterPro:IPR006058), CO dehydrogenase flavoprotein-like, FAD-binding, subdomain 2 (InterPro:IPR016169), Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead (InterPro:IPR000674), Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding (InterPro:IPR008274); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: xanthine dehydrogenase 1 (TAIR:AT4G34890.1); Has 21587 Blast hits to 20745 proteins in 1345 species: Archae - 453; Bacteria - 12993; Metazoa - 1073; Fungi - 109; Plants - 266; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6693 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16625688..16631306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 148771.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1353 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MEQNEFMEAI MYVNGVRRVL PDGLAHMTLL EYLRDLGLTG TKLGCGEGGC GSCTVMVSSY DRESKTCVHY AVNACLAPLY SVEGMHVISI EGVGHRKLGL 0101: HPLQESLASS HGSQCGFCTP GFVMSMYALL RSSKNSPSEE EIEECLAGNL CRCTGYRPII DAFRVFAKSD DALYSGLSSL SLQDGSNICP STGKPCSCGS 0201: KTTSEAATCN EDRFQSISYS DIDGAKYTDK ELIFPPELLL RKLAPLKLGG NEGITWYRPV SLQNLLELKA NFPDAKLLVG NTEVGIEMRL KRLQYPVLIS 0301: AAQVPELNAL NVNDNGIEVG SALRLSELLR LFRKVVKERP AHETSACKAF IEQLKWFAGT QIRNVACIGG NICTASPISD LNPLWMASRA EFRIINCNGD 0401: VRSIPAKDFF LGYRKVDMGS NEILLSVFLP WTRPLEYVKE FKQAHRRDDD IAIVNGGMRV FLEEKGQQLF VSDASIVYGG VAPLSLRARN TEELLIGKNW 0501: NKCLLQDALK VIQSDVLIKE GAPGGMVEFR KSLTLSFFFK FFLWVTHHVN NVNPTIETFP PSHMSAVQLV PRFSRIGKQD YETVKQGTSV GLPEVHLSAR 0601: MQVTGEAEYT DDTPLPPCTL HAALVLSKVP HARILSVDDS AAKSSSGFVG LFLAKDVPGN NMIGPIVADE ELFATDVVTC VGQVIGVLVA DTHENAKTAA 0701: RKVDVRYQEL PAILSIKEAI NAKSFHPNTE RRLRKGDVEL CFQSGQCDRI IEGEVQMGGQ EHFYLEPNGS LVWTIDGGNE VHMISSTQAP QQHQKYVSHV 0801: LGLPMSKVVC KTKRLGGGFG GKETRSAFIA AAASVPSYLL NRPVKLILDR DVDMMITGHR HSFVGKYKVG FTNEGKILAL DLEIYNNGGN SMDLSLSNLE 0901: RAMFHSDNVY EIPHVRIVGN VCFTNFPSNT AFRGFGGPQG MLITENWIQR IAAELDKIPE EIKEMNFQVE GSITHYFQSL QHCTLHQLWK ELKVSSNFLK 1001: TRREADEFNS HNRWKKRGVA MVPTKFGISF TTKFMNQAGA LVHVYTDGTV LVTHGGVEMG QGLHTKVAQV AATAFNILLS SVFVSETSTD KVPNASPTAA 1101: SASSDMYGAA VLDACEQIIA RMEPVASKHN FNTFSELASA CYFQRIDLSA HGFHIVPELE FDWVSGKGNA YRYYTYGAAF AEVEIDTLTG DFHTRKADIM 1201: LDLGYSLNPT IDIGQIEGAF VQGLGWVALE ELKWGDAAHK WIKPGSLLTC GPGSYKIPSI NDMPFQLNVS LLKGNPNAKA IHSSKAVGEP PFFLAASAFF 1301: AIKEAIKAAR SEVGLTNWFP LETPATPERI RMACFDEFSA PFANSDFCPK LSV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)