AT4G34390.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : extra-large GTP-binding protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
extra-large GTP-binding protein 2 (XLG2); FUNCTIONS IN: guanyl nucleotide binding, signal transducer activity; INVOLVED IN: in 7 processes; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 28 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit (InterPro:IPR001019), G protein alpha subunit, helical insertion (InterPro:IPR011025); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: extra-large G-protein 1 (TAIR:AT2G23460.1); Has 3202 Blast hits to 3201 proteins in 381 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 2082; Fungi - 561; Plants - 350; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 207 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:16441579..16444840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 97188.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 861 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAVIRKLLP FPSPNPKRDN RESDDDDETS SGYRIEYSFA SEYKGPLIAN VPRALPVEVD QIPTALPVSF SSLRSGISYP VAPLVMTKDT KRPPDSGIEK 101: KNGFVDSAAG SSVVLIGRDV VSGSSSSSSS KRLDVPEEVK SPADFRLSPS SPLSASAREE DHLDDDRVSD VGPRAVRFVE PFQSSECDES SYVSDGESIA 201: ATHRAERKGK RGSCYRCQLG NRFTEKEVCI VCDAKYCFNC VRRAMGAMPE GRKCQACIGY RIDESKRASL GKCSRMLKRH LTDSELRQVM NAEITCKANQ 301: LPSRLIIVND KPLSEDELYT LQTCPNPPKK LKPGHYWYDK VAGYWGKIGE KPSQIISPNN SIGGYISEKV SNGDTEIYIN GREITKPELT MLKWAGVQCE 401: GKPHFWVDSD GSYREEGQKH PIGNIWSKKR AKIACAVFSL PVPPASSAVE PYDVPLYEQK MLNKLLLIGS EKGGATTIYK QARSLYNVSF SLEDRERIKF 501: IIQTNLYTYL AMVLEAHERF EKEMSNDQSS GNVGDETSAK PGNSINPRLK HFSDWVLKEK EDGNLKIFPP SSRENAQTVA DLWRVPAIQA TYKRLRDTLP 601: RNAVYFLERI LEISRSEYDP SDMDILQAEG LSSMEGLSCV DFSFPSTSQE ESLESDYQHD TDMKYQLIRL NPRSLGENWK LLEMFEDADL VIFCVSLTDY 701: AENIEDGEGN IVNKMLATKQ LFENMVTHPS LANKRFLLVL TKFDLLEEKI EEVPLRTCEW FEDFNPLISQ NQTSRHNPPM AQRAFHYIGY KFKRLYDSIL 801: EPVNMRGRSF KPKLFVCQVS LESDTVDNAL RYAREILKWH VEETSMFQEM STTSIEASSS S |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)