AT4G33370.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEA(D/H)-box RNA helicase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DEA(D/H)-box RNA helicase family protein; FUNCTIONS IN: helicase activity, zinc ion binding, ATP-dependent helicase activity, ATP binding, nucleic acid binding; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEAD-box protein abstrakt, putative (TAIR:AT5G51280.1); Has 45034 Blast hits to 44312 proteins in 3130 species: Archae - 817; Bacteria - 23057; Metazoa - 6215; Fungi - 4847; Plants - 2647; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 7443 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16069669..16071405 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60261.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 542 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEVDDGYVEY VPVEERLAQM KRKVVEEPGK GMMEHLSDKK KLMSVGELAR GITYTEPLST WWKPPLHVRK MSTKQMDLIR KQWHITVNGE DIPPPIKNFM 101: DMKFPSPLLR MLKDKGIMHP TPIQVQGLPV VLSGRDMIGI AFTGSGKTLV FVLPMIILAL QEEIMMPIAA GEGPIALVIC PSRELAKQTY DVVEQFVASL 201: VEDGYPRLRS LLCIGGVDMR SQLDVVKKGV HIVVATPGRL KDILAKKKMS LDACRLLTLD EADRLVDLGF EDDIRHVFDH FKSQRQTLLF SATMPAKIQI 301: FATSALVKPV TVNVGRAGAA NLDVIQEVEY VKQEAKIVYL LECLQKTTPP VLIFCENKAD VDDIHEYLLL KGVEAVAIHG GKDQEDRDYA ISLFKAGKKD 401: VLVATDVASK GLDFPDIQHV INYDMPGEIE NYVHRIGRTG RCGKTGIATT FINKNQSEIT LLDLKHLLQE AKQRIPPVLA ELNGPMEETE TIANASGVKG 501: CAYCGGLGHR ILQCPKFEHQ KSVAISSSRK DHFGSDGYRG EV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)