AT4G33250.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : eukaryotic translation initiation factor 3K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes initiation factor 3k (EIF3k). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
eukaryotic translation initiation factor 3K (EIF3K); FUNCTIONS IN: translation initiation factor activity; INVOLVED IN: translational initiation, regulation of translational initiation; LOCATED IN: eukaryotic translation initiation factor 3 complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic (InterPro:IPR016020), Translation initiation factor 3, subunit 12, eukaryotic (InterPro:IPR009374), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024), SAC3/GANP/Nin1/mts3/eIF-3 p25 (InterPro:IPR005062); Has 423 Blast hits to 423 proteins in 172 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 186; Fungi - 100; Plants - 89; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 48 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16039066..16040617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25729.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 226 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGVEIQSPQE QSSYTVEQLV ALNPFNPEIL PDLENYVNVT SQTYSLEVNL CLLRLYQFEP ERMNTHIVAR ILVKALMAMP TPDFSLCLFL IPERVQMEEQ 101: FKSLIVLSHY LETGRFQQFW DEAAKNRHIL EAVPGFEQAI QAYASHLLSL SYQKVPRSVL AEAVNMDGAS LDKFIEQQVT NSGWIVEKEG GSIVLPQNEF 201: NHPELKKNTG ENVPLEHIAR IFPILG |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)