AT4G32940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : gamma vacuolar processing enzyme | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a vacuolar processing enzyme belonging to a novel group of cysteine proteinases that is expressed in vegetative organs and is upregulated in association with various types of cell death and under stressed conditions. They are essential in processing seed storage proteins and for mediating the susceptible response of toxin-induced cell death. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
gamma vacuolar processing enzyme (GAMMA-VPE); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C13, legumain (InterPro:IPR001096); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: alpha-vacuolar processing enzyme (TAIR:AT2G25940.1); Has 789 Blast hits to 787 proteins in 239 species: Archae - 4; Bacteria - 12; Metazoa - 277; Fungi - 115; Plants - 257; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 124 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:15900557..15903161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54338.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 494 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATTMTRVSV GVVLFVLLVS LVAVSAARSG PDDVIKLPSQ ASRFFRPAEN DDDSNSGTRW AVLVAGSSGY WNYRHQADIC HAYQLLRKGG LKEENIVVFM 101: YDDIANNYEN PRPGTIINSP HGKDVYQGVP KDYTGDDVNV DNLFAVILGD KTAVKGGSGK VVDSGPNDHI FIFYSDHGGP GVLGMPTSPY LYANDLNDVL 201: KKKHALGTYK SLVFYLEACE SGSIFEGLLP EGLNIYATTA SNAEESSWGT YCPGEEPSPP PEYETCLGDL YSVAWMEDSG MHNLQTETLH QQYELVKRRT 301: APVGYSYGSH VMQYGDVGIS KDNLDLYMGT NPANDNFTFA DANSLKPPSR VTNQRDADLV HFWEKYRKAP EGSARKTEAQ KQVLEAMSHR LHIDNSVILV 401: GKILFGISRG PEVLNKVRSA GQPLVDDWNC LKNQVRAFER HCGSLSQYGI KHMRSFANIC NAGIQMEQME EAASQACTTL PTGPWSSLNR GFSA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)