AT4G30560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.679 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cyclic nucleotide gated channel 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Cyclic nucleotide gated channel family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cyclic nucleotide gated channel 9 (CNGC9); FUNCTIONS IN: ion channel activity, cyclic nucleotide binding, calmodulin binding; INVOLVED IN: potassium ion transport, ion transport, transmembrane transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclic nucleotide-binding (InterPro:IPR000595), Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG (InterPro:IPR003938), Ion transport (InterPro:IPR005821), Cyclic nucleotide-binding-like (InterPro:IPR018490), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710), IQ calmodulin-binding region (InterPro:IPR000048); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclic nucleotide-gated channel 6 (TAIR:AT2G23980.1); Has 3647 Blast hits to 3476 proteins in 272 species: Archae - 0; Bacteria - 61; Metazoa - 1611; Fungi - 53; Plants - 1017; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 905 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:14926974..14929681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 83628.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 733 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLDCGKKAVK SQVISGRLEK FVRLDSMDSR YSQTSDTGLN RCTLNLQGPT RGGGAQGNNV SSGSFKKGFR KGSKGLWSIG RSIGLGVSRA VFPEDLKVSE 101: KKIFDPQDKF LLLCNKLFVT SCILAVSVDP LFLYLPFVKD NEKCIGIDRK LAIIATTLRT VIDAFYLFHM ALRFRTAFVA PSSRVFGRGE LVIDPAQIAK 201: RYLQQYFIID FLSVLPLPQI VVWRFLYISK GASVLATKRA LRSIILVQYI PRFIRLYPLS SELKRTAGVF AETAWAGAAY YLLLYMLASH IVGAIWYLLA 301: LERYNGCWTK VCSNSSLDCH RNFLFCGNEK MDGYAAWTTI KDSVLQLNCP VNTTDNPPFD FGIYLRALSS GIVSSKSFVS KYFFCLWWGL QNLSTLGQGL 401: ETSTYPGEVI FSIALAIAGL LLFALLIGNM QTYLQSLTIR LEEMRVKRRD SEQWMHHRML PPELRERVRR YDQYKWLETR GVDEENLVQN LPKDLRRDIK 501: RHLCLALVRR VPLFENMDER LLDAICERLK PCLYTESSYL VREGDPVNEM LFIIRGRLES VTTDGGRSGF FNRSLLKEGD FCGEELLTWA LDPKSGSNLP 601: SSTRTAKALT EVEAFALIAD ELKFVASQFR RLHSRQVQHT FRFYSQQWRT WAAIFIQAAW RRYVKKKKLE QLRKEEEEGE GSVTSIRATF LASKFAANAL 701: RKVHKNRIEA KSTIELVKYQ KPSEPDFSAD DTS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)