AT4G30200.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vernalization5/VIN3-like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with similarity to VRN5 and VIN3.Contains both a fibronectin III and PHD finger domain. VEL1 is a part of a polycomb repressive complex (PRC2) that is involved in epigenetic silencing of the FLC flowering locus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vernalization5/VIN3-like (VEL1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1423, plant (InterPro:IPR004082), Fibronectin, type III-like fold (InterPro:IPR008957), Fibronectin, type III (InterPro:IPR003961); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Fibronectin type III domain-containing protein (TAIR:AT5G57380.1); Has 283 Blast hits to 258 proteins in 40 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 3; Fungi - 23; Plants - 240; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:14786852..14790070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 78774.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 714 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSSLDGAAG DSSKCSEMSV DEKRQLVYEL SKQSHLAAEV LQAWSRQEIL QILCAEMGKE RKYTGLTKVK IIETLLKIVS EKNSGECEGK KRDSDCLPIQ 101: RNTKRQRKVD NPSRYVIPAT NIVTSNNASG SCSSVNTKGE STTIYCKNLA CRAVLRQEDS FCRRCSCCIC RKYDDNKDPS LWLTCSSDPP FEGESCGFSC 201: HLECAFNTEK SGLGKDKQSE GCCFYCVSCG KANSLLECWK KQLTIAKETR RVEVLCYRLF LVQKLLKSST KYRNLCEVVD EAVKTLEADV GPLTGLPMKM 301: GRGIVNRLHS GPDVQKLCSS ALESLETIAT TPPDVAALPS PRSSKMQQDC SYVLSNEISA DTATTGSTKI RFEDVNATSL TVVLASNEIP SPPNIVHYSI 401: WHRKVPEKDY PEKSTCTLFI PNTRFVVSGL APASEYCFKV VSYSGTREMG VDEINVLTRS AEEGANCSSA VERSVSPLTN CSTLSSNPSS VEAESNNDYI 501: VPKKPSSKNE DNNSPSVDES AAKRMKRTTD SDIVQIEKDV EQIVLLDDEE QEAVLDKTES ETPVVVTTKS LVGNRNSSDA SLPITPFRSD EIKNRQARIE 601: ISMKDNCNNG DHSANGGTES GLEHCVKIIR QLECSGHIDK NFRQKFLTWY SLRATSQEIR VVKIFIDTFI DDPMALAEQL IDTFDDRVSI KRSAVGGSGA 701: SAVVPSGFCM KLWH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)