AT4G29860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.852 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a WD repeat protein with seven WD repeat motifs, predicted to function in protein-protein interaction. Mutations caused defects in both embryo and seedling development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO DEFECTIVE 2757 (EMB2757); FUNCTIONS IN: nucleotide binding; INVOLVED IN: acquisition of desiccation tolerance, embryo development, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: CUL4 RING ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: stem, rosette leaf, fruit, root, cultured cell; EXPRESSED DURING: F mature embryo stage, D bilateral stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), G-protein beta WD-40 repeat, region (InterPro:IPR020472), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein (TAIR:AT1G11160.1); Has 24053 Blast hits to 12842 proteins in 620 species: Archae - 42; Bacteria - 6408; Metazoa - 6694; Fungi - 5230; Plants - 2600; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3079 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:14603296..14605704 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41988.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 386 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKRPPPDPV AVLRGHRHSV MDVSFHPSKS LLFTGSADGE LRIWDTIQHR AVSSAWAHSR ANGVLAVAAS PWLGEDKIIS QGRDGTVKCW DIEDGGLSRD 101: PLLILETCAY HFCKFSLVKK PKNSLQEAES HSRGCDEQDG GDTCNVQIAD DSERSEEDSG LLQDKDHAEG TTFVAVVGEQ PTEVEIWDLN TGDKIIQLPQ 201: SSPDESPNAS TKGRGMCMAV QLFCPPESQG FLHVLAGYED GSILLWDIRN AKIPLTSVKF HSEPVLSLSV ASSCDGGISG GADDKIVMYN LNHSTGSCTI 301: RKEITLERPG VSGTSIRVDG KIAATAGWDH RIRVYNYRKG NALAILKYHR ATCNAVSYSP DCELMASASE DATVALWKLY PPHKSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)