AT4G29620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.956 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, cytidine deaminase activity, catalytic activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: cytidine deamination, cytidine metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: carpel; EXPRESSED DURING: 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytidine deaminase, homodimeric (InterPro:IPR006263), APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding (InterPro:IPR016192), CMP/dCMP deaminase, zinc-binding (InterPro:IPR002125), Cytidine deaminase-like (InterPro:IPR016193), Cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding domain (InterPro:IPR013171); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein (TAIR:AT4G29600.1); Has 1708 Blast hits to 1703 proteins in 740 species: Archae - 42; Bacteria - 1328; Metazoa - 70; Fungi - 9; Plants - 128; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 131 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14519892..14520905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37108.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 337 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQRPNLLSH LQDLVTKFKN MTMAQDRFKF VFTANEAALE GVTDPIRLPN LIRKAMCLAR APISKYKVGA VGRASSGRVY LGVNVDFPGL PLHHSIHAEQ 101: FLVTNLALNY EKDLCKLAVA ISTDGLEFGT PCGNCLQFLM EMSNALDMKI LSKPKHEAGS FSSLRLLLPN VLPKGSPFLL EKRYNCLTLS GSAGEICSLD 201: CSHLKRRALA AANNSFSPYT ESPSGVALLD NDGNWYRGWY IESVASNPSL GPVQAALVDF VARSRGKMFN KIVQAVLVEK NNASVSQERT AKIILDTIAP 301: NCDFKVFHCS VDCAKRLKYL RETLVIDTLG DYTGLHY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)