AT4G29140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.913 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : MATE efflux family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
MATE efflux family protein; FUNCTIONS IN: antiporter activity, drug transmembrane transporter activity, transporter activity; INVOLVED IN: drug transmembrane transport, transmembrane transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: shoot apex, embryo, hypocotyl, root; EXPRESSED DURING: E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multi antimicrobial extrusion protein MatE (InterPro:IPR002528); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MATE efflux family protein (TAIR:AT5G19700.1); Has 10278 Blast hits to 10238 proteins in 1962 species: Archae - 240; Bacteria - 7294; Metazoa - 150; Fungi - 320; Plants - 1306; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 968 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14369148..14370746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57057.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 532 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCNPSTTTTT TGSENQESRT GLFLDLFSIN SFEPTKRNLR HCENRGSPLM AEAVTEAKSL FTLAFPIAVT ALVLYLRSAV SMFFLGQLGD LELAAGSLAI 101: AFANITGYSV LSGLALGMEP LCSQAFGAHR FKLLSLTLHR TVVFLLVCCV PISVLWFNVG KISVYLHQDP DIAKLAQTYL IFSLPDLLTN TLLHPIRIYL 201: RAQGIIHPVT LASLSGAVFH LPANLFLVSY LRLGLTGVAV ASSITNIFVV AFLVCYVWAS GLHAPTWTDP TRDCFRGWAP LLRLAGPSCV SVCLEWWWYE 301: IMIVLCGLLV NPRSTVAAMG VLIQTTSFLY VFPSSLSFAV STRVGNELGA NRPKTAKLTA TVAIVFAAVT GIIAAAFAYS VRNAWGRIFT GDKEILQLTA 401: AALPILGLCE IGNCPQTVGC GVVRGTARPS TAANVNLGAF YLVGMPVAVG LGFWAGIGFN GLWVGLLAAQ ISCAGLMMYV VGTTDWESEA KKAQTLTCAE 501: TVENDIIKAV VASTIDGECD EAEPLIRITV LY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)