AT4G28556.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.717 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : PAK-box/P21-Rho-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes RIC7, the downstream effector of active Rop2 GTPase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RIC7; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PAK-box/P21-Rho-binding (InterPro:IPR000095); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ROP-interactive CRIB motif-containing protein 6 (TAIR:AT2G20430.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14114754..14115795 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23755.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 216 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQLGMSSTKM KSLLKGLRYI SQVFAIEGEK EEEMQIGNPT DVKHVAHIGW DGPSDNATAP SWMNDFKSSP VMESIQGLGE DDSSVKCQSE FGGRTRDLPK 101: LPKSTRKSSS EKGSPTKERS DKTKRRTSNK GTSSSRRTKD EDSTSSSRRT TKDEDSSLSQ HSAGLPEVPK KSKRKKSKEA GNGGSSRSSR ISEADYMSDT 201: GSDRSMPQFE DDRNGF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)