AT4G28470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 26S proteasome regulatory subunit S2 1B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encoding the RPN subunits of the 26S proteasome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
26S proteasome regulatory subunit S2 1B (RPN1B); FUNCTIONS IN: enzyme regulator activity, binding; INVOLVED IN: protein catabolic process; LOCATED IN: proteasome regulatory particle, base subcomplex, proteasome complex; EXPRESSED IN: 6 plant structures; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn1 subunit (InterPro:IPR016643), Proteasome/cyclosome, regulatory subunit (InterPro:IPR002015), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 26S proteasome regulatory subunit S2 1A (TAIR:AT2G20580.1); Has 1017 Blast hits to 967 proteins in 297 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 372; Fungi - 296; Plants - 141; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 198 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:14067082..14072357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 97960.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 891 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPVPDPNSV GGGAKRDEAT TKIPSKDSKK KDDKKEEDLS EEDLQLKQNL ELYVERVQDP NPELQKIALE SMRKEIRDST SSMTSVPKPL KFLRPHYGVL 101: KEFHAKMAES DLKKMLADIL SVLALTMSAE GERESLNYRL NGSESDIGSW GHEYVRNLAG EIAKEYTIRQ GEESSIEDLM DLVQQIVSFH MKHNAETEAV 201: DLLMDVEDLD LLLEHVDNTN FRRTCNYLTS AAKYLPGPDD MLVLDIAYMI YIKFAEYPNA LQIALFLDNM QYVKQVFTSC TDLVKKKQFC YMIARHGMTF 301: ELDQEMVAND EDKEALQDIV NNSKLSEGYL TLARDIEVME AKTPEDIYKA HLLDGRASSG PSVDSARQNL SATFVNAFVN AGFGQDKLMT VPSDSTSGSA 401: GNWLFKNKEH GKTSAVASLG MIQLWDVETG LGHLDKYFHS NDNPVVAGAL LGVGIVNCGI KNDCDPAFAL LSGYIDNEDS SVRIGAIMGL GIAYAGSQND 501: QIKIRLSPIL NDANAPLDVI AFAALSLGMI YVGSCNEEVA QSIIFALMDR SEAELGEALT RFLPLGLGLL YLGKQESVEA TAEVSKTFNE KIRKYCDMTL 601: LSCAYAGTGN VLKVQDLLAQ CGEHLVKGDI HQGPAVIGLA MVAMSEELGL DMEIRSLERV LQYGEQNIRR AVPLALGLLC ISNPKVTVMD TLSRLSHDTD 701: SEVAMAAIIS LGLIGAGTNN ARIAGMLRNL SSYYYKDASL LFCVRIAQGF VHMGKGLLTL NPFHSERLLL SPTALAGIVT LLHACLDMKS IILGKYHYVL 801: YFLVLAMQPR MMLTVDQSLK PISVPVRVGQ AVDVVGQAGR PKTITGFQTH STPVLLAAGE RAELATEKYI PLSPILEGFV ILKENPDYRE E |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)