AT4G26870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Class II aminoacyl-tRNA and biotin synthetases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Class II aminoacyl-tRNA and biotin synthetases superfamily protein; FUNCTIONS IN: aspartate-tRNA ligase activity, nucleotide binding, aminoacyl-tRNA ligase activity, nucleic acid binding, ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, tRNA aminoacylation for protein translation; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aspartyl-tRNA synthetase, class IIb, archea/euk type (InterPro:IPR004523), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type (InterPro:IPR004365), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195), Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb (InterPro:IPR002312), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) (InterPro:IPR004364), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N)-like (InterPro:IPR018150); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Class II aminoacyl-tRNA and biotin synthetases superfamily protein (TAIR:AT4G31180.2); Has 28683 Blast hits to 22852 proteins in 2993 species: Archae - 454; Bacteria - 19619; Metazoa - 777; Fungi - 1015; Plants - 410; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6408 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13505381..13507619 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60336.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 532 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVGSEVLEEC GEKISKKESK KRAAKLEKLL RKQEREEATS SSLSLEEEDE SCSSNYGDVT TNELQSAVEG KELTDVSNLV EEIVGSEVSI RGRLHKNRLV 101: GTKLFVILRE SGFTVQCVVE ETRVGANMIK FVKQLSRESV VELIGVVSHP KKPLTGTTQQ VEIHVRKMYC LSRSLPNLPL VVEDAARSES DIEKSGKDGK 201: QAARVLQDTR LNNRVLDIRT PANQAIFRIQ CQVQIAFREY LQSKGFLEIH TPKLIAGSSE GGSAVFRLDY KGQPACLAQS PQLHKQMAIC GDMRRVFEVG 301: PVFRAEDSFT HRHLCEFVGL DVEMEIRMHY SEIMDLVGEL FPFIFTKIEE RCPKELESVR KQYPFQSLKF LPQTLRLTFA EGIQMLKEAG EEVDPLGDLN 401: TESERKLGQL VLEKYKTEFY MLHRYPSAVR PFYTMPYEND SNYSNSFDVF IRGEEIMSGA QRIHDPELLE KRARECGIDV KTISTYIDAF RYGAPPHGGF 501: GVGLERVVML LCALNNIRKT SLFPRDSQRL TP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)