AT4G26090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NB-ARC domain-containing disease resistance protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plasma membrane protein with leucine-rich repeat, leucine zipper, and P loop domains that confers resistance to Pseudomonas syringae infection by interacting with the avirulence gene avrRpt2. RPS2 protein interacts directly with plasma membrane associated protein RIN4 and this interaction is disrupted by avrRpt2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RESISTANT TO P. SYRINGAE 2 (RPS2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), NB-ARC (InterPro:IPR002182), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Disease resistance protein (InterPro:IPR000767); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RPS5-like 1 (TAIR:AT1G12210.1); Has 21906 Blast hits to 18242 proteins in 683 species: Archae - 18; Bacteria - 1169; Metazoa - 4701; Fungi - 258; Plants - 15223; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 537 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13224596..13227325 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 104647.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 909 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDFISSLIVG CAQVLCESMN MAERRGHKTD LRQAITDLET AIGDLKAIRD DLTLRIQQDG LEGRSCSNRA REWLSAVQVT ETKTALLLVR FRRREQRTRM 101: RRRYLSCFGC ADYKLCKKVS AILKSIGELR ERSEAIKTDG GSIQVTCREI PIKSVVGNTT MMEQVLEFLS EEEERGIIGV YGPGGVGKTT LMQSINNELI 201: TKGHQYDVLI WVQMSREFGE CTIQQAVGAR LGLSWDEKET GENRALKIYR ALRQKRFLLL LDDVWEEIDL EKTGVPRPDR ENKCKVMFTT RSIALCNNMG 301: AEYKLRVEFL EKKHAWELFC SKVWRKDLLE SSSIRRLAEI IVSKCGGLPL ALITLGGAMA HRETEEEWIH ASEVLTRFPA EMKGMNYVFA LLKFSYDNLE 401: SDLLRSCFLY CALFPEEHSI EIEQLVEYWV GEGFLTSSHG VNTIYKGYFL IGDLKAACLL ETGDEKTQVK MHNVVRSFAL WMASEQGTYK ELILVEPSMG 501: HTEAPKAENW RQALVISLLD NRIQTLPEKL ICPKLTTLML QQNSSLKKIP TGFFMHMPVL RVLDLSFTSI TEIPLSIKYL VELYHLSMSG TKISVLPQEL 601: GNLRKLKHLD LQRTQFLQTI PRDAICWLSK LEVLNLYYSY AGWELQSFGE DEAEELGFAD LEYLENLTTL GITVLSLETL KTLFEFGALH KHIQHLHVEE 701: CNELLYFNLP SLTNHGRNLR RLSIKSCHDL EYLVTPADFE NDWLPSLEVL TLHSLHNLTR VWGNSVSQDC LRNIRCINIS HCNKLKNVSW VQKLPKLEVI 801: ELFDCREIEE LISEHESPSV EDPTLFPSLK TLRTRDLPEL NSILPSRFSF QKVETLVITN CPRVKKLPFQ ERRTQMNLPT VYCEEKWWKA LEKDQPNEEL 901: CYLPRFVPN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)