AT4G25750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.807 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC-2 type transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ABC-2 type transporter family protein; FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 8 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC-2 type transporter (InterPro:IPR013525), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABC-2 type transporter family protein (TAIR:AT5G52860.1); Has 414691 Blast hits to 370855 proteins in 4207 species: Archae - 7263; Bacteria - 323847; Metazoa - 10017; Fungi - 7500; Plants - 6067; Viruses - 21; Other Eukaryotes - 59976 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13110627..13112360 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64693.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 577 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESYTLSTSS ISYAKPLSPL LLTAEQPSFI LRNITLTSHP SQILAIIGPS GAGKSTLLDI LAARTSPTSG SILLNSVLIN PSSYRKISSY VPQHDTFFPL 101: LTVSETFTFS ASLLLPKNLS KVSSVVASLL KELNLTHLAH TRLGQGLSGG ERRRVSIGLS LLHDPEVLLL DEPTSGLDSK SAFDVVQILK SIATSRERIV 201: ILSIHQPSFK ILSLIDRVLL LSKGTIVYHG RLDLLEAFLL SKGFTVPSQL NSLEYAMEIL QNIRDPYENA NIALPDHCPE SKKQNQKQSI VRYKSSRITE 301: ISLLSSRFWK IIYRTRQLLL TNILESLVVG LVLGTIYLNI GTGKEGIRKR FGLFAFTLTF LLSSTTQTLP IFIDERPILL RETSSGLYRL SSHILANTLV 401: FLPYLLLIAI IYSVSLYFLV GLCFSWQALA YFVLVIWIIV LMANSFVLFL SSLAPNYIAG TSSVTILLAA FFLFSGYFIS KESLPKYWLF MYFFSMYKYA 501: LDALLINEYS CLHNKCLVWF EEASVNSCLV TGGDVLDKNG LHERQRWFNV YMLLGFFVLY RVLCFLVLLK RVSGSKR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)