AT4G25500.3
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : arginine/serine-rich splicing factor 35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an arginine/serine-rich splicing factor. transcript is alternatively spliced and is differentially expressed in different tissues (flowers, roots, stems, and leaves) examined. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
arginine/serine-rich splicing factor 35 (RSP35); FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: nuclear mRNA splicing, via spliceosome, RNA splicing; LOCATED IN: nuclear speck, spliceosomal complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein (TAIR:AT5G52040.4); Has 12133 Blast hits to 9335 proteins in 376 species: Archae - 0; Bacteria - 104; Metazoa - 8049; Fungi - 1339; Plants - 1578; Viruses - 48; Other Eukaryotes - 1015 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13025850..13027243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36399.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 317 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQGFAFVYME DERDAEDAIR ALDRFEFGRK GRRLRVEWTK SERGGDKRSG GGSRRSSSSM RPSKTLFVIN FDADNTRTRD LEKHFEPYGK IVNVRIRRNF 101: AFIQYEAQED ATRALDASNN SKLMDKVISV EYAVKDDDAR GNGHSPERRR DRSPERRRRS PSPYKRERGS PDYGRGASPV AAYRKERTSP DYGRRRSPSP 201: YKKSRRGSPE YGRDRRGNDS PRRRERVASP TKYSRSPNNK RERMSPNHSP FKKESPRNGV GEVESPIERR ERSRSSPENG QVESPGSIGR RDSDGGYDGA 301: ESPMQKSRSP RSPPADE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)