AT4G25090.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.480 plasma membrane 0.308 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Riboflavin synthase-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Riboflavin synthase-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: in 7 functions; INVOLVED IN: oxidation reduction; EXPRESSED IN: root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ferredoxin reductase-type FAD-binding domain (InterPro:IPR017927), Cytochrome b245, heavy chain (InterPro:IPR000778), EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Ferric reductase-like transmembrane component, N-terminal (InterPro:IPR013130), Ferric reductase, NAD binding (InterPro:IPR013121), NADPH oxidase Respiratory burst (InterPro:IPR013623), FAD-binding 8 (InterPro:IPR013112), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), Riboflavin synthase-like beta-barrel (InterPro:IPR017938); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NADPH/respiratory burst oxidase protein D (TAIR:AT5G51060.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12878930..12883599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 95605.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 837 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQRVSFEVKD TEAEKSSSEI LSGSLPSTYR NPAMENVGNA VDDGSSVKNN PKLDMQKQNG LVKWFKKCLT MVSGESKAPR LDRSKSTAGQ ALKGLKIISK 101: TDGNAAWTVV EKRYLKITAN TDGLLLRSKF GECIGMNSKE FALELFDALA RKSHLKGDVI TETELKKFWE QINDKSFDSR LITFFDLMDK DSDGRLTEDE 201: VREIIKLSSS ANHLSCIQNK ADEYAAMIME ELDPDHMGYI MVNFLDHDIN SEERKELSDM LTESLKPTRD PNHLRRWYCQ LRFFVLDSWQ RVWVIALWLT 301: IMAILFAYKY IQYKNRAVYE VLGPCVCLAK GAAETLKLNM ALILLPVCRN TITWLRNKTR LGVFVPFDDN LNFHKVIAVG IAIGVAIHSV SHLACDFPLL 401: IAATPAEYMP LGKFFGEEQP KRYLHFVKST EGITGLVMVF LMVIAFTLAM PWFRRGKLEK KLPGPLKKLA SFNAFWYTHH LFVIVYILLV LHGYYIYLNK 501: EWYKKTTWMY LAVPVALYAY ERLIRAFRSS IRTVKVLKMA AYPGKVLTLQ MSKPTNFKYM SGQYMFVNCP AVSPFEWHPF SITSTPQDDY LSVHIKALGD 601: WTEAIQGVFS EVSKPPPVGD MLNGANSPRF PKIMIDGPYG APAQDYKKYE VVLLIGLGIG ATPMISIIKD IINNTETKEQ LSQMEKGSPQ EQQGNKETFK 701: TRRAYFYWVT KEQGTFDWFK NIMNEIAERD KSKVIELHNH CTSVYEEGDV RSALIRMLQS LNYAKNGLDI VAGTRVMSHF ARPNWKNVYK QIAMDHPGAN 801: VGVFYCGAPV LTKELRQLAL EFTHKTSTRF SFHKENF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)