AT4G25010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.820 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nodulin MtN3 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Nodulin MtN3 family protein; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: MtN3/saliva-related transmembrane protein, conserved region (InterPro:IPR018169), RAG1-activating protein 1 homologue (InterPro:IPR018179), RAG1-activating protein-1-related (InterPro:IPR004316); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nodulin MtN3 family protein (TAIR:AT5G50800.1); Has 994 Blast hits to 947 proteins in 115 species: Archae - 0; Bacteria - 1; Metazoa - 233; Fungi - 0; Plants - 619; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 141 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12854630..12856351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30970.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 281 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLTHNVLAV TFGVLGNIIS FIVFLAPVPT FVRICKKKSI EGFESLPYVS ALFSAMLWIY YALQKDGAGF LLITINAVGC FIETIYIILF ITYANKKARI 101: STLKVLGLLN FLGFAAIILV CELLTKGSNR EKVLGGICVG FSVCVFAAPL SIMRVVIRTK SVEFMPFSLS LFLTISAITW LFYGLAIKDF YVALPNILGA 201: FLGAVQMILY VIFKYYKTPL VVDETEKPKT VSDHSINMVK LSSTPASGDL TVQPQTNPDV SHPIKTHGGD LEDQMDKKMP N |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)