AT4G24470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GATA-type zinc finger protein with TIFY domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
ZIM is a putative transcription factor containing an atypical GATA-type zinc-finger motif. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TIFY1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, NHR/GATA-type (InterPro:IPR013088), Tify (InterPro:IPR010399), CCT domain (InterPro:IPR010402), Zinc finger, GATA-type (InterPro:IPR000679); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ZIM-LIKE 2 (TAIR:AT1G51600.2); Has 1524 Blast hits to 1503 proteins in 175 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 21; Fungi - 686; Plants - 776; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 41 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12645785..12647734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33262.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 309 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFGRHSIIPN NQIGTASASA GEDHVSASAT SGHIPYDDME EIPHPDSIYG AASDLIPDGS QLVAHRSDGS ELLVSRPPEG ANQLTISFRG QVYVFDAVGA 101: DKVDAVLSLL GGSTELAPGP QVMELAQQQN HMPVVEYQSR CSLPQRAQSL DRFRKKRNAR CFEKKVRYGV RQEVALRMAR NKGQFTSSKM TDGAYNSGTD 201: QDSAQDDAHP EISCTHCGIS SKCTPMMRRG PSGPRTLCNA CGLFWANRGT LRDLSKKTEE NQLALMKPDD GGSVADAANN LNTEAASVEE HTSMVSLANG 301: DNSNLLGDH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)