AT4G24040.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : trehalase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a trehalase, member of Glycoside Hydrolase Family 37. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
trehalase 1 (TRE1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 37 (InterPro:IPR001661), Six-hairpin glycosidase-like (InterPro:IPR008928), Glycoside hydrolase, family 37, conserved site (InterPro:IPR018232); Has 1925 Blast hits to 1909 proteins in 569 species: Archae - 2; Bacteria - 1056; Metazoa - 507; Fungi - 235; Plants - 71; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 54 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12488242..12491060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71358.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 626 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSYKLNNPN LLISTHTHNK LFLSSSPFNL LFSFPSFIYL KQQRSLFFFF FFFLCFSFTT SMLDSDTDTD SGPVVATTKL VTFLQRVQHT ALRSYPKKQT 101: PDPKSYIDLS LKRPYSLSTI ESAFDDLTSE SHDQPVPVET LEKFVKEYFD GAGEDLLHHE PVDFVSDPSG FLSNVENEEV REWAREVHGL WRNLSCRVSD 201: SVRESADRHT LLPLPEPVII PGSRFREVYY WDSYWVIKGL MTSQMFTTAK GLVTNLMSLV ETYGYALNGA RAYYTNRSQP PLLSSMVYEI YNVTKDEELV 301: RKAIPLLLKE YEFWNSGKHK VVIRDANGYD HVLSRYYAMW NKPRPESSVF DEESASGFST MLEKQRFHRD IATAAESGCD FSTRWMRDPP NFTTMATTSV 401: VPVDLNVFLL KMELDIAFMM KVSGDQNGSD RFVKASKARE KAFQTVFWNE KAGQWLDYWL SSSGEESETW KAENQNTNVF ASNFAPIWIN SINSDENLVK 501: KVVTALKNSG LIAPAGILTS LTNSGQQWDS PNGWAPQQEM IVTGLGRSSV KEAKEMAEDI ARRWIKSNYL VYKKSGTIHE KLKVTELGEY GGGGEYMPQT 601: GFGWSNGVIL AFLEEYGWPS HLSIEA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)