AT4G23100.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : glutamate-cysteine ligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the enzyme glutamate-cysteine ligase catalyzing the first, and rate-limiting, step of glutathione biosynthesis. Required for cell proliferation at the root tip. Involved in susceptibility to the bacterial pathogen Pseudomonas syringae. Mutants are phytoalexin defective. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glutamate-cysteine ligase (GSH1); FUNCTIONS IN: glutamate-cysteine ligase activity; INVOLVED IN: in 13 processes; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glutamate--cysteine ligase, GCS2 (InterPro:IPR006336), Glutamate--cysteine ligase, plant (InterPro:IPR011556); Has 2650 Blast hits to 2650 proteins in 482 species: Archae - 15; Bacteria - 892; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 118; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1625 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12103458..12106751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58565.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 522 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALLSQAGGS YTVVPSGVCS KAGTKAVVSG GVRNLDVLRM KEAFGSSYSR SLSTKSMLLH SVKRSKRGHQ LIVAASPPTE EAVVATEPLT REDLIAYLAS 101: GCKTKDKYRI GTEHEKFGFE VNTLRPMKYD QIAELLNGIA ERFEWEKVME GDKIIGLKQG KQSISLEPGG QFELSGAPLE TLHQTCAEVN SHLYQVKAVA 201: EEMGIGFLGI GFQPKWRRED IPIMPKGRYD IMRNYMPKVG TLGLDMMLRT CTVQVNLDFS SEADMIRKFR AGLALQPIAT ALFANSPFTE GKPNGFLSMR 301: SHIWTDTDKD RTGMLPFVFD DSFGFEQYVD YALDVPMYFA YRKNKYIDCT GMTFRQFLAG KLPCLPGELP SYNDWENHLT TIFPEVRLKR YLEMRGADGG 401: PWRRLCALPA FWVGLLYDDD SLQAILDLTA DWTPAEREML RNKVPVTGLK TPFRDGLLKH VAEDVLKLAK DGLERRGYKE AGFLNAVDEV VRTGVTPAEK 501: LLEMYNGEWG QSVDPVFEEL LY |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)