AT4G22110.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : GroES-like zinc-binding dehydrogenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GroES-like zinc-binding dehydrogenase family protein; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: oxidation reduction; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: root, synergid; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GroES-like (InterPro:IPR011032), Alcohol dehydrogenase GroES-like (InterPro:IPR013154), Alcohol dehydrogenase, zinc-containing, conserved site (InterPro:IPR002328), Alcohol dehydrogenase, C-terminal (InterPro:IPR013149), Alcohol dehydrogenase superfamily, zinc-containing (InterPro:IPR002085); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GroES-like zinc-binding dehydrogenase family protein (TAIR:AT1G22430.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11711422..11713946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42520.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 389 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKTSMFSIH EGKPIRCKAA VSRKPGEALV IEEIHVDPPQ AYEVRIKIIC TSLCHTDVSF SKIDSGPLAR FPRILGHEAV GVIESIGEHV NGFQQGDVVL 101: PVFHPHCEEC RDCKSSKSNW CARFADDFLS NTRRYGMTSR FKDSFGEDIY HFLFVSSFSE YTVVDIAHLV KISPDIPVDK AALLSCGVST GIGAAWKVAN 201: VEKGSTVAVF GLGAVGLAVG EGARLRGAGK IIGVDLNPEK FELGKKFGFT DFINSTLCGE NKISEVIKEM TGGGVDYSFE CVGLPSLLTE AFSSTRTGSG 301: KTVVLGIDKH LTPVSLGSFD LLRGRHVCGS LFGGLKPKLD IPILVDHYLK KELNLDSFIT HELKFEEINK AFDLLVQGKS LRCILWMNK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)