AT4G21900.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : proteinaceous RNase P 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
proteinaceous RNase P 3 (PRORP3); FUNCTIONS IN: antiporter activity, drug transmembrane transporter activity, transporter activity; INVOLVED IN: drug transmembrane transport, transmembrane transport; LOCATED IN: nucleus, membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonuclease Zc3h12a-like (InterPro:IPR021869), Multi antimicrobial extrusion protein MatE (InterPro:IPR002528); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: proteinaceous RNase P 2 (TAIR:AT2G16650.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11616567..11619349 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64398.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 576 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKLKKPSLPS SLLCAVPPCL SQIRLLIPRR VRVSSSTFAN AKLVTLRNHT VNLHIYYCSM AGTDNRRSRH DDESPKNPNK KKKGNRNPEK SLLINLHSCS 101: KRKDLSAALA LYDAAITSSD IRLNQQHFQS LLYLCSAFIS DPSLQTVAID RGFQIFDRMV SSGISPNESS VTAVARLAAA KGDGDYAFKL VKDLVAVGGV 201: SVPRLRTYAP ALLCFCDTLE AEKGYEVEDH MDASGIVLEE AEISALLKVS AATGRENKVY RYLQKLRECV GCVSEETSKA IEEWFYGVKA SEVSDNGIGS 301: DIELLRAAVL KNGGGWHGLG WVGEGKWIVK KGNVSSAGKC LSCDEHLACV DTNEVETEDF VNSLVTLAME RKAKMNSCEP MADFSEFQEW LEKHGDYEAI 401: LDGANIGLYQ QNFADGGFSL PQLEAVVKEL YNKSGSKKQP LILLHKKRVN ALLENPNHRN LVEEWINNNV LYATPPGSND DWYWLYAAAK LKCLLVTNDE 501: MRDHIFELLS NSFFQKWKER HQVRFTFVKG CLKLEMPPPF SVVIQESEKG SWHVPITSQD KEESLRSWMC ITRQSS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)