AT4G21130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
similar to man and yeast U3-55K genes, involved in processing of pre-ribosomal RNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO DEFECTIVE 2271 (EMB2271); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein (TAIR:AT4G05410.1); Has 39777 Blast hits to 20460 proteins in 714 species: Archae - 46; Bacteria - 6502; Metazoa - 14728; Fungi - 8617; Plants - 4380; Viruses - 43; Other Eukaryotes - 5461 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:11274308..11276286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53584.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 479 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKLEKKKGIG AKRRGKKSSI DHDPFLEEET EKRRKFNYDD DDDIESVESE EEGKVGEEVE DEFAHETVGE KRKRLAEDTL NRIEEAKQRE HEEDNEEDDD 101: FRDSLVAKTL MQEQLEKSGR VRRANALRVQ DLQSSDKFRV IVKHQHSVTG VALSDDDSRG FSVSKDGTIL HWDVSSGKSD EYKWPSDEVL KSHGLKFQES 201: WYTRHNKQSL ALAVSSDGRY LATGGVDCHV HLWDIRTREH VQAFTGHCGI VSSLCFREGT AELFSGSYDG TLSIWNAEHR TYIESCFGHQ SELLSIDALG 301: RERVLSVGRD RTMQLYKVPE STRLIYRASE SNFECCCFVN SDEFLSGSDN GSIALWSILK KKPVFIVNNA HHVIADHDSV NHNCTPACSW VSSVAVCRGS 401: ELAASGAGNG CVRLWGVESG SSAIQPLYEL PLPGFVNSLA FAKSGRFLIA GVGQEPRLGR WGCLKSAQNG VAIHPLRLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)