AT4G20670.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.941 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Domain of unknown function (DUF26) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Domain of unknown function (DUF26); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF26 (InterPro:IPR002902); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein with domains of unknown function (DUF26 and DUF1204) (TAIR:AT4G20620.1); Has 1465 Blast hits to 1431 proteins in 20 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1465; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:11092539..11093621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31931.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 280 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKKHTHQKYQ ISQTMSSVFG SVHILAMIAI QLLLTHSVSS LNLTNAYLHH KCSNTQGKYK QGSAFEKNLN LVLSTITSIG NFRDGFRYTE EGEDPNNVFV 101: MFQCRGDSYW SKCPPCISTA VSGLRRRCPR NKGAIIWYDQ CLLKISSVAS FNKIDYENDF YLSNPNNMSD RGLFNKETSA LLEKLAYKAS DRNNLDGKQL 201: VLYAAGEKRI GTKKVYAMVQ CTKDLIFTKC FECLEGILRK FPQCCDGKRG GRVFGTSCNF RYELYPFLRN YSNSTMRAPY |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)