AT4G19840.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : phloem protein 2-A1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a phloem lectin, similar to phloem lectin in cucumber and celery. Gene is expressed in the phloem, predominantly in the companion cells. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phloem protein 2-A1 (PP2-A1); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phloem protein 2-A4 (TAIR:AT1G33920.1); Has 488 Blast hits to 483 proteins in 39 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 488; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:10774336..10775701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28102.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 246 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKKHCSELL PNKMFRNQDS KYLIPVQKEA PPVTTLPMKA STVKSPHNCE AILRDADPPI SLSSVNLSEQ LRSGVFLKPK KQIKYWVDER NSNCFMLFAK 101: NLSITWSDDV NYWTWFTEKE SPNENVEAVG LKNVCWLDIT GKFDTRNLTP GIVYEVVFKV KLEDPAYGWD TPVNLKLVLP NGKEKPQEKK VSLRELPRYK 201: WVDVRVGEFV PEKSAAGEIT FSMYEHAAGV WKKGLSLKGV AIRPKQ |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)