AT4G19330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.857 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch repeat type 1 (InterPro:IPR006652), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein (TAIR:AT4G19250.1); Has 1950 Blast hits to 1800 proteins in 151 species: Archae - 8; Bacteria - 87; Metazoa - 712; Fungi - 20; Plants - 1054; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 65 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:10554982..10558675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62001.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 537 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MERETSSSST PPEDLVTSMI GKFVAVMSNN DIRYEGVISL LNLQDSKLGL QNGNNSIPNP LQDLLFMIFF FSIVRVYGRE VENDNEQRVF QVLKEVHSHM 101: VFRGSDIKSV EVLSLPPPAR HNSAIGHVGS LITTEDVRIE GVISHVKFHD SMIFMKNCMC YGTEGRTKRR RSIVACNQLA DDIVLNILAR ISTSYYQTLS 201: LVSKTFRLLI LSKELDMERS YLGTRKPCVY VCLQSPTHPF DRRWFGLWIK PYDHQPLTHW TIDIKCTGHW LLPMPSPYSR CLQIVHETVG SETYEIGGQN 301: MTPSTDVWVY DKLIGKQRKA PSMMVARKNA FTCVLDGKLY VMGGCEADES THWAEVFDPK TQTWEALPDP GVELRYSSVK NIQTKQGKVY VRSNKKNFVY 401: LIKECMWEVA EENLGESTCE IENVCYCYSN KRYWWYDAKC EEWRLVKGNY GGKLVVFWDR AVSRLTATKE IWCAMISLEK GHDGEIWGHI EWLDAVLIAP 501: RSLKLIIQLV LIRTIYIIDI YSFLFSVMFF ILYFIYI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)