AT4G19170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nine-cis-epoxycarotenoid dioxygenase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
chloroplast-targeted member of a family of enzymes similar to nine-cis-epoxycarotenoid dioxygenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nine-cis-epoxycarotenoid dioxygenase 4 (NCED4); LOCATED IN: chloroplast, plastoglobule; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Carotenoid oxygenase (InterPro:IPR004294); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nine-cis-epoxycarotenoid dioxygenase 5 (TAIR:AT1G30100.1); Has 2918 Blast hits to 2864 proteins in 491 species: Archae - 16; Bacteria - 796; Metazoa - 323; Fungi - 173; Plants - 887; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 723 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:10481835..10483622 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65605.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 595 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSVSSSSFL SSTFSLHHSL LRRRSSSPTL LRINSAVVEE RSPITNPSDN NDRRNKPKTL HNRTNHTLVS SPPKLRPEMT LATALFTTVE DVINTFIDPP 101: SRPSVDPKHV LSDNFAPVLD ELPPTDCEII HGTLPLSLNG AYIRNGPNPQ FLPRGPYHLF DGDGMLHAIK IHNGKATLCS RYVKTYKYNV EKQTGAPVMP 201: NVFSGFNGVT ASVARGALTA ARVLTGQYNP VNGIGLANTS LAFFSNRLFA LGESDLPYAV RLTESGDIET IGRYDFDGKL AMSMTAHPKT DPITGETFAF 301: RYGPVPPFLT YFRFDSAGKK QRDVPIFSMT SPSFLHDFAI TKRHAIFAEI QLGMRMNMLD LVLEGGSPVG TDNGKTPRLG VIPKYAGDES EMKWFEVPGF 401: NIIHAINAWD EDDGNSVVLI APNIMSIEHT LERMDLVHAL VEKVKIDLVT GIVRRHPISA RNLDFAVINP AFLGRCSRYV YAAIGDPMPK ISGVVKLDVS 501: KGDRDDCTVA RRMYGSGCYG GEPFFVARDP GNPEAEEDDG YVVTYVHDEV TGESKFLVMD AKSPELEIVA AVRLPRRVPY GFHGLFVKES DLNKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)