AT4G18390.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea and PCF transcription factor 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea and PCF transcription factor 2 (TCP2); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: cell differentiation, positive regulation of development, heterochronic, regulation of transcription, leaf morphogenesis; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, TCP (InterPro:IPR005333), CYC/TB1, R domain (InterPro:IPR017888), Transcription factor TCP subgroup (InterPro:IPR017887); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea, and PCF family 24 (TAIR:AT1G30210.2); Has 2182 Blast hits to 1888 proteins in 369 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 128; Fungi - 15; Plants - 1699; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 334 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:10163212..10164309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40180.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 365 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIGDLMKNNN NGDVVDNEVN NRLSRWHHNS SRIIRVSRAS GGKDRHSKVL TSKGPRDRRV RLSVSTALQF YDLQDRLGYD QPSKAVEWLI KAAEDSISEL 101: PSLNNTHFPT DDENHQNQTL TTVAANSLSK SACSSNSDTS KNSSGLSLSR SELRDKARER ARERTAKETK ERDHNHTSFT DLLNSGSDPV NSNRQWMASA 201: PSSSPMEYFS SGLILGSGQQ THFPISTNSH PFSSISDHHH HHPHHQHQEF SFVPDHLISP AESNGGAFNL DFNMSTPSGA GAAVSAASGG GFSGFNRGTL 301: QSNSTNQHQS FLANLQRFPT SESGGGPQFL FGALPAENHH HNHQFQLYYE NGCRNSSEHK GKGKN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)