AT4G15210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-amylase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
cytosolic beta-amylase expressed in rosette leaves and inducible by sugar. RAM1 mutants have reduced beta amylase in leaves and stems. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta-amylase 5 (BAM5); FUNCTIONS IN: beta-amylase activity; INVOLVED IN: response to herbivore, starch catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 14, conserved site (InterPro:IPR018238), Glycoside hydrolase, family 14 (InterPro:IPR001554), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, family 14B, plant (InterPro:IPR001371), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-amylase 6 (TAIR:AT2G32290.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:8666734..8669357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56065.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 498 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATNYNEKLL LNYVPVYVML PLGVVNVENV FADPETLETQ LKRLKEEAGV DGVMVDVWWG IIESKGPKQY DWTAYKTLFQ LIARLGLKIQ AIMSFHQCGG 101: NVGDIVTIPI PQWVRDVGDN DPDIYYTNRK GTRDIEYLSI GVDNLPLFAG RTAVQLYSDY MSSFKENMAD LIEAGVIVDI EVGLGPAGEL RYPSYPQSQG 201: WVFPGIGEFQ CYDKYLKKDF KEAAAKAGHP EWDLPEDAGE YNDKPEETGF FKKDGTYVSE KGKFFMTWYS NKLIFHGDQI LGEANKIFAG LKVNLAAKVS 301: GIHWLYNHHS HAAELTAGYY NLFKRDGYRP IARMLSKHYG ILNFTCLEMK DTDNTAEALS APQELVQEVL SKAWKEGIEV AGENALETYG AKGYNQILLN 401: ARPNGVNPNG KPKLRMYGFT YLRLSDTVFQ ENNFELFKKL VRKMHADQDY CGDAAKYGHE IVPLKTSNSQ LTLEDIADAA QPSGAFKWDS ETDLKVDG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)