AT4G14690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Chlorophyll A-B binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an early light-induced protein. ELIPs are thought not to be directly involved in the synthesis and assembly of specific photosynthetic complexes, but rather affect the biogenesis of all chlorophyll-binding complexes. A study (PMID 17553115) has shown that the chlorophyll synthesis pathway was downregulated as a result of constitutive ELIP2 expression, leading to decreased chlorophyll availability for the assembly of pigment-binding proteins for photosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EARLY LIGHT-INDUCIBLE PROTEIN 2 (ELIP2); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Chlorophyll A-B binding family protein (TAIR:AT3G22840.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:8418373..8419129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20345.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 193 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATASFNMQS VFAAPSGVLT TRNIRNTNQL FFKRIAPVGV RCMAQGDPIK EDPSVPSTST SATPPQMPQS PPPPVSKPKV STKFGDLLAF SGPAPERING 101: RLAMVGFVAA IAMELSKGEN VFAQISDGGV GWFLGTTALL TLASMVPLFK GIRAEAKSKG FMTSDAELWN GRFAMLGLVA LAFTEYVTGG TLV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)