AT4G14170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT2G33680.1); Has 29941 Blast hits to 12458 proteins in 177 species: Archae - 0; Bacteria - 3; Metazoa - 21; Fungi - 17; Plants - 29510; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 390 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:8176709..8178142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53256.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 477 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MHLPSSSSLY SSPTKSLFAM FLKARALSVT TQNPPDLFSL LHHSPNAKHL RHLHAHLLRT FLYSNVVLSS KLVLAYSKLN HLFPTSLSVF WHMPYRNIFS 101: WNIIIGEFSR SGFASKSIDL FLRMWRESCV RPDDFTLPLI LRACSASREA KSGDLIHVLC LKLGFSSSLF VSSALVIMYV DMGKLLHARK LFDDMPVRDS 201: VLYTAMFGGY VQQGEAMLGL AMFREMGYSG FALDSVVMVS LLMACGQLGA LKHGKSVHGW CIRRCSCLGL NLGNAITDMY VKCSILDYAH TVFVNMSRRD 301: VISWSSLILG YGLDGDVVMS FKLFDEMLKE GIEPNAVTFL GVLSACAHGG LVEKSWLYFR LMQEYNIVPE LKHYASVADC MSRAGLLEEA EKFLEDMPVK 401: PDEAVMGAVL SGCKVYGNVE VGERVARELI QLKPRKASYY VTLAGLYSAA GRFDEAESLR QWMKEKQISK VPGCSSI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)