AT4G13985.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.650 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : FBD-associated F-box protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FBD-associated F-box protein (FBD1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), FBD (InterPro:IPR013596), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box/RNI-like superfamily protein (TAIR:AT1G69630.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:8080118..8081669 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52884.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 459 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEDRESRVS AKPSGDRVDR LRNLPDCLLF KILLNLPTKD VVKLSVLSRR WRNVWRYVPG LDLECGDFMV REYYDSSEFN ALLGFVYRFL GFNSESCLQK 101: FKLTVNWYDD VQLETVHFTE WFNAVVKRKV QHLHILDKTW GRDEVVIPPT VFTCGSLISL NLYDVYLPNR EFVSLPSLKV IVLDAVVFDE DFAFEMLVSG 201: CPVLESLSVN KINLNDISES VQVSSQSLLS FSYVADDDDY LEVVIDAPRL HYLKLNDKRT ASFIMKNHGS LLKADIDFVF NLGSEYMFDP NYLPTRHIIR 301: DFLVGLSGVK DMIISSSTLQ VIYDYSRCEQ LPLFRNVSFL RVEFADYRWE MLPIFLESCP NLKSLVLGFS IPPGKEGANI LPGPRRFLTS LEYVKIAKPM 401: AAEASEIKLK LVSYFLENST ILKKLTLCLR NFREKEESVI VKKLLTIPRL SPSCQVFVL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)