AT4G13980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : winged-helix DNA-binding transcription factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Heat Stress Transcription Factor (Hsf) family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AT-HSFA5; FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding (InterPro:IPR000232); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: heat shock factor 1 (TAIR:AT4G17750.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:8077519..8079247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52357.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 466 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNGALGNSSA SVSGGEGAGG PAPFLVKTYE MVDDSSTDQI VSWSANNNSF IVWNHAEFSR LLLPTYFKHN NFSSFIRQLN TYGFRKIDPE RWEFLNDDFI 101: KDQKHLLKNI HRRKPIHSHS HPPASSTDQE RAVLQEQMDK LSREKAAIEA KLLKFKQQKV VAKHQFEEMT EHVDDMENRQ KKLLNFLETA IRNPTFVKNF 201: GKKVEQLDIS AYNKKRRLPE VEQSKPPSED SHLDNSSGSS RRESGNIFHQ NFSNKLRLEL SPADSDMNMV SHSIQSSNEE GASPKGILSG GDPNTTLTKR 301: EGLPFAPEAL ELADTGTCPR RLLLNDNTRV ETLQQRLTSS EETDGSFSCH LNLTLASAPL PDKTASQIAK TTLKSQELNF NSIETSASEK NRGRQEIAVG 401: GSQANAAPPA RVNDVFWEQF LTERPGSSDN EEASSTYRGN PYEEQEEKRN GSMMLRNTKN IEQLTL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)