AT4G13890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.994 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO SAC DEVELOPMENT ARREST 37 (EDA36); FUNCTIONS IN: pyridoxal phosphate binding, glycine hydroxymethyltransferase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: glycine metabolic process, polar nucleus fusion, L-serine metabolic process, pollen development; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site (InterPro:IPR019798), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421), Serine hydroxymethyltransferase (InterPro:IPR001085); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine hydroxymethyltransferase 4 (TAIR:AT4G13930.1); Has 11625 Blast hits to 11598 proteins in 2846 species: Archae - 258; Bacteria - 6397; Metazoa - 338; Fungi - 287; Plants - 371; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 3968 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:8032146..8033718 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52264.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 470 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEPVYSWGNT HLDFVDPEIY DLIEKEKHRQ CRGIELIAAE NFTSVAVMEA LGSCLTNKYS EGMPGNRYYG GTEFIDEIES LCRSRSLEAF HCNPEKWGVN 101: VQPYSGSPAN FAAYTALLQP HDRIMGLDLP SGGHITHGYY SSGGKNISAT SIYFENLPYK VDSKTGYIDY DKLEEKAMDF RPKLIICGGT SYPREWDYAR 201: FRAVADKVGA FLLCDMAHNS ALVAAQEAAD PFEYCDVVTT STHKSLRGPR AGMIFYRKGP KPAKKGQPEG EVYDFDAKIN SAVFPALQSG PHNNKIGALA 301: VALKQVMAPS FKVYAKQVKA NAACLASYLI NKGYTLVTDG TDNHLILWDL RPLGLTGNKV EKVCELCYIT LNRNAVFGDT SFLAPGGVRI GTPAMTSRGL 401: VEKDFEKIGE FLHRAVTITL DIQEQYGKVM KDFNKGLVNN KEIDEIKADV EEFTYDFDMP GFFISESRND |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)