AT4G13570.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : histone H2A 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes HTA4, a histone H2A protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
histone H2A 4 (HTA4); FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: nucleosome assembly; LOCATED IN: nucleus, nucleosome; EXPRESSED IN: stem, embryo, sepal, seed; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, F mature embryo stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone H2A (InterPro:IPR002119), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Histone core (InterPro:IPR007125); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone H2A 11 (TAIR:AT3G54560.1); Has 3680 Blast hits to 3676 proteins in 321 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2383; Fungi - 290; Plants - 597; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 408 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:7884516..7885664 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 13201.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 118 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVCNTNILKD VSTKISAFEN VRMIMVEGEM FQVARIHKQL KNRVSAHSSV GATDVVYMTS ILEYLTTEVL QLAENTSKDL KVKRITPRHL QLAIRGDEEL 101: DTLIKGTIIG GSVIPHIH |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)