AT4G13090.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 2 (XTH2); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, acting on glycosyl bonds, xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process, cellular glucan metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall, apoplast; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase (InterPro:IPR016455), Beta-glucanase (InterPro:IPR008264), Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal (InterPro:IPR010713), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985), Glycoside hydrolase, family 16 (InterPro:IPR000757); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 1 (TAIR:AT4G13080.1); Has 2168 Blast hits to 2148 proteins in 309 species: Archae - 0; Bacteria - 292; Metazoa - 0; Fungi - 434; Plants - 1369; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 73 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7631535..7632870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33526.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 292 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNRIRYCFEL VSVLFLMFTA NARARGRGAI DFDVNYVVTW GQDHILKLNQ GKEVQLSMDY SSGSGFESKS HYGSGFFQMR IKLPPRDSAG VVTAFYLTSK 101: GDTHDEVDFE FLGNRQGKPI AIQTNVFSNG QGGREQKFVP WFDPTTSFHT YGILWNPYQI VFYVDKVPIR VFKNIKKSGV NYPSKPMQLV ASLWNGENWA 201: TSGGKEKINW AYAPFKAQYQ GFSDHGCHVN GQSNNANVCG STRYWWNTRT YSQLSANEQK VMENVRAKYM TYDYCSDRPR YPVPPSECRW NQ |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)