AT4G12740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.995 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : HhH-GPD base excision DNA repair family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
HhH-GPD base excision DNA repair family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: DNA repair, base-excision repair; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NUDIX hydrolase domain-like (InterPro:IPR015797), DNA glycosylase (InterPro:IPR011257), NUDIX hydrolase domain (InterPro:IPR000086), HhH-GPD domain (InterPro:IPR003265); Has 55833 Blast hits to 29061 proteins in 2861 species: Archae - 372; Bacteria - 10631; Metazoa - 17750; Fungi - 4523; Plants - 1695; Viruses - 834; Other Eukaryotes - 20028 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7494578..7497596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 72004.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 630 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MACLLRVALN PTFERSTVAS QRQNPKTILS FHCKVSSFKT KTMSQSFAPR EKLMRKCREK KEAEREAERE AEREAEEEEK AEEAEAEADK EEAEEESEEE 101: EEEEEEEAEA EEEALGGDIE DLFSENETQK IRMGLLDWYD VNKRDLPWRN RRSESEKERR AYEVWVSEIM LQQTRVQTVM KYYKRWMQKW PTIYDLGQAS 201: LENLIVSRSR ELSFLRGNEK KEVNEMWAGL GYYRRARFLL EGAKMVVAGT EGFPNQASSL MKVKGIGQYT AGAIASIAFN EAVPVVDGNV IRVLARLKAI 301: SANPKDRLTA RNFWKLAAQL VDPSRPGDFN QSLMELGATL CTVSKPSCSS CPVSSQCRAF SLSEENRTIS VTDYPTKVIK AKPRHDFCCV CVLEIHNLER 401: NQSGGRFVLV KRPEQGLLAG LWEFPSVILN EEADSATRRN AINVYLKEAF RFHVELKKAC TIVSREELGE FVHIFTHIRR KVYVELLVVQ LTGGTEDLFK 501: GQAKDTLTWK CVSSDVLSTL GLTSAVRKVP PFRLQHIKRL SLDVMVEKEQ ILECRCIQWL KHTSKAYLFL MSHQIEQPYR GNENSHDLLL TLFFMLLSFY 601: SSCLALGIKF GDLGLKLNSL VSTEKSDGDV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)